日本学術会議は日本政府から独立した組織なのでは無い！
閣議決定の効力は、原則としてその後の内閣にも及ぶというのが従来からの取扱いとなっているが、憲法及び法律の範囲内において、新たな閣議決定により前の閣議決定に必要な変更等を行うことは可能である。
内閣衆質一八三第一二五号 平成二十五年七月二日
国会答弁は政府がした後に閣議決定して効力が生まれている。なので閣議決定の効力＝国会答弁の効力となる。 その上で安倍総理が効力は憲法および法律の範囲内で変更と言っている。つまり国会答弁よりも法律の方が上で渡辺輝人弁護士が１９８３（昭和５８）年の国会答弁を取り上げていたが1984年には日本学術会議法が改正されて会員の選出方法が公選制から推薦制へ変更された。さらに2001年には中央省庁等改革基本法施行に伴い、総務大臣所轄へ移されてもいる。1983年の国会答弁は大きな法改正前の日本学術会議についての政府の見解であり法改正後の政府見解を保障するものにはならない、法改正が行われた以上は法改正前の国会答弁の効力は怪しい
また、日本学術会議法の第３条 日本学術会議は、独立して左の職務を行う。の『独立して左の職務を行う』は官公庁から独立して官公庁の所管の元で業務を行うとしか読み取れない。上で取り上げたように『2001年には中央省庁等改革基本法施行に伴い、総務大臣所轄へ移された』のだから『独立して』は2001年～2005年までは総務省から独立してだったことになる。
答えは独立行政法人では無い！と言わざる負えない、何故ならば独立行政法人は官公庁から独立しているが日本学術会議は官公庁の所管として管理されている組織だからである。
独立行政法人法では『国が自ら主体となって直接に実施する必要のない』業務をしていると書かれている。つまり独立行政法人の独立とは主体が国で無くなっただけで国の監督と介入をうけないことを約束された存在では無い
これで分かる通り日本学術会議法の言うところの独立とは主体が所管官公庁では無いという意味であって政府の監督と介入を受け付けない絶対不可侵な存在だと言う意味では無い
日本国憲法によって保障されている権利
根拠
第五章内閣第六十五条【行政権と内閣】行政権は、内閣に属する。
七十二条【内閣総理大臣の職務】内閣総理大臣は、内閣を代表して議案を国会に提出し、一般国務及び外交関係について国会に報告し、並びに行政各部を指揮監督する。
ここに書かれている通りなのである。日本学術会議法の独立は所管の内閣府からの独立であって日本政府の長である首相から独立していると書かれている訳では無い、内閣府は内閣総理大臣を補佐する組織であって内閣府のトップだから内閣総理大臣という訳では無い！（ここ重要）
内閣総理大臣は日本国の行政の長であり、各大臣を任命する権限を与えられている。そして統帥権を持つ日本のナンバー２である。つもり首相の命令から一行政機関である日本学術会議が独立するなどということは絶対にあってはいけない
